荧光定量PCR之后计算目的基因的相对表达量一般采用2^-△△ct的方法。我们还是假设对照组和处理组各有三个生物学重复（即对照组3个cDNA样品cDNA1, cDNA2, cDNA3，处理组3个cDNA样品cDNA4, cDNA5, cDNA6），三个技术重复（即每个cDNA的每个基因点三个孔）。

1. 跑完程序后，先看一下溶解曲线。如果熔解曲线的峰比较单一，而且同一个基因的峰基本重合，说明没问题；如果峰比较杂乱，多峰，甚至压根没峰，证明结果不行，要么引物有问题，要么加样有问题，或者程序搞错了，总之自己要回想一下哪里出了问题。

2. 将原始ct值按照如下格式输入excel中。

3. 分别计算三个技术重复的ct值的平均值（注意，计算之前，先看一下三个ct值之间的差值，一般相互之间的差值不超过0.5）。

4. 计算△ct值。用刚刚计算得到目的基因的平均ct值减去内参基因的平均ct值，即得到了△ct值。下图红色字体从下到下依次为cDNA1到cDNA6的目的基因平均ct值减去内参基因平均ct值。

5. 计算△△ct值。下图蓝色数字为对照组的三个△ct（前三个值）的平均值，红色数字为六个△ct值分别减去蓝色数字，即得到了△△ct值。

6. 计算2^-△△ct，如下图红色字体所示。

7. 这样计算过程就结束了，接下来就是显著性分析以及作图。分析结果表明处理组目的基因的表达量显著降低。